Llevas años emitiendo facturas en papel, en Excel o con cualquier programa que tenías a mano. A partir de ahora eso cambia: el Real Decreto 1007/2023 obliga a todos los autónomos y empresas a usar software específicamente certificado para emitir facturas. Ese sistema se llama VeriFactu.
Para los agricultores autónomos que venden a cooperativas, almazaras, almacenes o directamente al consumidor final, la obligación es la misma que para cualquier otro autónomo. No hay exención por ser del sector agrario.
Qué es VeriFactu y por qué existe
VeriFactu es un sistema de control antifraude fiscal creado por la Agencia Tributaria (AEAT). El problema que intenta resolver es sencillo de entender: antes, cualquier programa de facturación podía emitir una factura, borrarla y nadie se enteraba. Era fácil manipular el registro de ventas para pagar menos impuestos.
Con VeriFactu eso ya no es posible. El sistema funciona así:
- Cada factura lleva una "huella digital" (hash) calculada a partir de sus datos: fecha, importe, NIF del emisor, NIF del receptor… Si alguien modifica cualquier dato después de emitirla, la huella cambia y el sistema lo detecta.
- Las facturas están encadenadas. La huella de cada factura incluye la huella de la anterior. Si borras una del medio, toda la cadena queda rota. Es técnicamente imposible eliminar una factura sin dejar rastro.
- Cada factura lleva un código QR que el cliente puede escanear para verificar que la factura existe en el sistema de la AEAT y que sus datos son correctos.
El proceso de emitir una factura VeriFactu
A diferencia del sistema anterior, donde emitir una factura y enviarla a Hacienda eran dos cosas completamente separadas (la segunda era una declaración trimestral), con VeriFactu cada factura se comunica a la AEAT en el momento de emitirla. No al final del mes, no al final del trimestre: cuando se emite.
Crea la factura en borrador
Rellenas los datos: cliente, concepto, importe, IVA, fecha. En este punto la factura todavía no está emitida — puedes modificarla o eliminarla sin consecuencias.
Emite la factura
Al pulsar "Emitir", el sistema genera la huella digital y el código QR, y añade la factura a la cadena de integridad. A partir de este momento ya no se puede modificar ni eliminar.
Descarga el XML y envíalo a la AEAT
Descargas el fichero XML que genera la aplicación y lo subes al portal de la Agencia Tributaria con tu certificado digital. Cada factura, cuando se emite, no al trimestre siguiente.
Marca la factura como enviada
Una vez subida al portal de Hacienda, marcas la factura como enviada en la aplicación para llevar el control de qué está al día y qué no.
Un cambio importante en la forma de trabajar
Antes, muchos autónomos emitían varias facturas a lo largo del mes y las declaraban todas juntas al final del trimestre. Con VeriFactu, cada factura va a Hacienda cuando se emite. No es posible acumularlas. Si tienes 10 facturas de enero, tienes 10 XMLs que enviar según vas emitiéndolas.
Qué tipo de factura usar: F1, F2 y rectificativas
VeriFactu clasifica las facturas en tipos. Para la mayoría de operaciones de un agricultor solo se usan dos:
F1 — Factura completa
La factura habitual que incluye todos los datos del emisor y del receptor (NIF, nombre, dirección). Es la que hay que usar siempre que el cliente sea una empresa, cooperativa, almazara o almacén.
Si el cliente es una cooperativa o almacén, la F1 es obligatoria para que pueda justificar la compensación REAG ante la AEAT o deducirse el IVA.
F2 — Factura simplificada
No incluye los datos del receptor. Solo válida para ventas directas al consumidor final de productos agrícolas hasta 3.000 €, o hasta 400 € en otros casos.
Equivale al antiguo "ticket". Útil para ventas en mercados locales o a particulares que no van a deducirse nada.
Además existen las facturas rectificativas (tipos R1 a R5) para corregir errores en una factura ya emitida. Al emitir una factura VeriFactu no se puede modificar, así que si te equivocas en el importe o en el NIF del cliente, tienes que emitir una rectificativa que anula o corrige la original.
Los tres regímenes de IVA para agricultores
El IVA en agricultura funciona de forma diferente según el régimen en que estés dado de alta. Es importante configurarlo bien en el software porque cambia cómo se calculan los totales de las facturas:
Régimen general
Repercutes IVA en tus facturas y lo declaras trimestralmente con el Modelo 303. Para productos agrícolas la mayoría tributa al 10 % (reducido). También deduces el IVA de tus compras. Es el régimen más habitual si facturas a empresas o cooperativas que necesitan deducir el IVA.
REAG — Régimen Especial Agropecuario
En el REAG no repercutes IVA. En su lugar, el cliente (cooperativa, almacén, industria) te paga una compensación sobre el precio de venta — habitualmente el 10,5 % para cultivos y el 12 % para ganadería — que compensa el IVA que tú pagas en tus compras. Muchos agricultores están en este régimen porque simplifica mucho la gestión: no hay declaraciones trimestrales de IVA. El inconveniente es que si tienes mucho IVA soportado (inversiones, maquinaria) no puedes recuperarlo.
Exento
Algunas operaciones están exentas de IVA por ley: arriendo de terrenos rústicos, determinadas entregas intracomunitarias, exportaciones… La factura no lleva IVA pero debe indicar el código de exención (E1 a E7) que la AEAT requiere en el XML.
El Modelo 303 y el Modelo 347
VeriFactu no elimina las declaraciones fiscales periódicas, pero sí cambia el contexto en el que se presentan. Los dos modelos que más afectan a los agricultores son:
Modelo 303 — Declaración trimestral del IVA
Solo si estás en régimen general. Se presenta en enero (4T del año anterior), abril (1T), julio (2T) y octubre (3T).
En el REAG no presentas el 303: el IVA lo gestiona el cliente.
Modelo 347 — Operaciones con terceros
Si facturas más de 3.005,06 € a un mismo cliente durante el año, esa relación comercial debe declararse en el Modelo 347. Se presenta en febrero por el año anterior.
Las operaciones en REAG están excluidas del 347 (no se declaran).
Las aplicaciones certificadas VeriFactu facilitan el cumplimiento de ambos modelos porque tienen ya toda la información de las facturas registrada con exactitud: importes, fechas, NIFs de clientes. El Libro de Registro de Facturas Emitidas — obligatorio por ley y que debe conservarse 4 años — también se genera automáticamente.
Configuración inicial: lo que hay que hacer una sola vez
Antes de emitir la primera factura, hay que configurar unos datos básicos que luego se rellenarán automáticamente en cada factura:
Datos fiscales del emisor
NIF/CIF, nombre o razón social, dirección completa y actividad económica. Estos datos aparecen en el encabezado de todas tus facturas.
Régimen de IVA
General, REAG o Exento. Es la configuración más importante porque determina cómo se calculan todos los importes. Si tienes dudas, consúltalo con tu asesor fiscal.
Serie de facturación
Una referencia que identifica el conjunto de facturas, normalmente por año (ej. "A-2025", "FAC-2026"). El número de factura dentro de esa serie se asigna automáticamente de forma correlativa.
Clientes habituales
Guarda los datos de tus clientes recurrentes (cooperativa, almacén, almazara) para seleccionarlos directamente al crear cada factura sin volver a teclear el NIF y la dirección.
Plazos que hay que respetar
Además del envío inmediato de cada factura a la AEAT, la normativa establece dos plazos adicionales que conviene tener presentes:
| Plazo | Regla | Consecuencia de incumplirlo |
|---|---|---|
| Expedición de la factura | Antes del día 15 del mes siguiente a la fecha de operación (RD 1619/2012) | Factura expedida fuera de plazo legal |
| Conservación del Libro de Registro | Mínimo 4 años desde la fecha en que debió presentarse la autoliquidación (art. 70 LGT) | Incumplimiento fiscal en caso de inspección |
Preguntas frecuentes
¿Estoy obligado si solo emito 2 o 3 facturas al año?
Sí. La obligación no depende del volumen de facturación sino de si eres autónomo o empresa que emite facturas. Aunque solo vendas tu cosecha a la cooperativa una vez al año, esa factura debe ser VeriFactu.
¿Qué pasa si estoy en REAG? ¿También debo usar VeriFactu?
Sí. VeriFactu afecta al sistema de emisión de facturas, no al régimen de IVA. Si eres autónomo y emites facturas — aunque sea en REAG y sin IVA —, el sistema de certificación sigue siendo obligatorio.
¿Puedo corregir una factura ya emitida?
No directamente. Una vez emitida, la factura VeriFactu no se puede modificar porque eso rompería la cadena de integridad. Para corregir un error tienes que emitir una factura rectificativa (tipo R1, R2, R3, R4 o R5 según el motivo) que anula o corrige la original.
¿La cooperativa o el almacén puede pedirme el XML de la factura?
El código QR que aparece en la factura les permite verificar los datos directamente en el portal de la AEAT. El XML es el fichero que tú envías a Hacienda; el cliente no lo necesita, solo la factura con el QR.
¿Qué retención de IRPF aplica en las facturas agrícolas?
Para la mayoría de actividades agrícolas en estimación objetiva (módulos), la retención habitual es el 2 %. Si eres persona física en estimación directa o tienes una sociedad, los tipos son distintos. Consulta con tu asesor qué te corresponde.